El mundo indígena sufrió profundas transformaciones sociales a raíz del proceso de conquista. En las sociedades aborígenes de mayor complejidad, como por ejemplo los aztecas, incas y mayas, los grupos ubicados en la cúspide de la pirámide social fueron eliminados o perdieron la autoridad política sobre sus respectivos pueblos. De esa manera, y a pesar de persistir ciertos rasgos autóctonos, la trastocada sociedad indígena y sus grupos sociales comenzaron a girar en función de la estructura impuesta por los conquistadores españoles.
En las culturas donde las jerarquías de mando eran más inestables la conquista española no logró desarticular la armazón social. De hecho, durante gran parte del período colonial diversas sociedades indígenas, como los aymara, coexistieron con los peninsulares en zonas marginales de difícil acceso.
Algunos grupos no sedentarios se mantuvieron independientes del dominio español mediante una constante resistencia. Solamente experimentaron un cierto tipo de cambio social auto-generado, tal como el de la evolución hacia confederaciones más grandes y liderazgos más sólidos para propósitos militares. Los casos más conocidos fueron los de los chichimecas del norte de México, los chiriguano de la frontera oriental del área andina y los mapuches del sur de Chile.